博士论文肯定是要查重的，但是他的参考文献是不需要查询的，因为参考文献不可能是自己编出来的，不可能是自己写的。

保密的一般是与涉密项目有关的论文，即常规涉密内容，如：涉密的国家自然科学基金项目（以下简称“国自然”）、涉密的国家重大社会科学基金项目等；或者是其他涉密内容，如：涉密的国家重点实验室、涉密的军事院校等。

其中，涉密项目一般都有保密期，国自然一般保密期是3-5年，也有更长的，随项目时间顺延，在保密期过后会随当年硕、博士论文一同录入知网；如果是其他涉密内容，则可能只在内网交流，公开时间另行规定（或有限公开、甚至不公开）。

过了保密期后才会在网上公开，也就是说还在保密期的论文是查不到的，自然就不会和保密期的论文查重了。

最全的还属papertime，这个最全，现在90%的大学毕业生前期论文改重都用这个，改完后妥妥的毕业，我和同学那时候都用的这个，还能在线自动降重。真是66666.，给你们一个在线兑换几千字的优惠吗（463 zero nine two 把英语换成阿拉伯数字兑换啊），在充值中心底部兑换就行！